お答えします。停車している時間にもよりますが、信号待ち程度ならDレンジでフットブレーキ、状況によってはサイドブレーキも使えばよいでしょう。
Dレンジでフットブレーキを踏んでいると、ATフルード(ATF)に負担をかけますが、最近のクルマはたいていオイルクーラーを装備しているので、フルードが劣化しにくくなっています。いっぽう、ATのセレクタレバーを頻繁に動かせば、シフトショックで徐々に各部マウントや駆動系を傷めることになります。
長い踏切待ちなどの場合はパーキングポジションに入れたり、場合によってはエンジン停止を行うのもよいと思います。