「ロングホイールベース化の弊害はある？」

お答えします。一般的に、ホイールベースが長いクルマは直進安定性に優れ、またピッチング（前後方向の揺れ）も抑制されるので乗り心地がいいと言われています。ただし後からホイールベースをストレッチしたモデルとなると、補強はされてはいてもオリジナルよりボディー剛性は低下しているでしょうから、サスペンションが受け止められなかった路面からの衝撃が、より大きくボディーに伝わってしまう可能性もあります。となると、NVHにおいて不利になることも考えられますが、そのあたりの実情は車種によっても異なるでしょう。
性能に関しては、長くなれば当然ながら車重は重くなるので、パワーユニット等に変更がない限り、加速などの動力性能は落ち、旋回性能も低下します。