「エアコンのイヤな臭いは防げる？」

お答えします。おっしゃる方法は、面倒ではありますが、カビの発生や臭いの元を作り出さないためにはよいことだと思います。

クルマのエアコンは、まず初めに空気をファンで吸入し、その後エアコンの冷気を作り出すエバポレータに空気を触れさせて、温度の低い空気を室内に送り込むという流れになっています。
エバポレータは冷媒が通ったラジエターのようなものです。湿度の高い空気がそこで冷やされると、空気中の水分が持ちこたえられなくなって液体になり、エバポレータに付着するのです。冷えたグラスの周りに水滴が付くのと同じ原理ですね。そしてその湿気がカビを発生させ、イヤな臭いの原因になるのです。

ですからエバポレータを乾かしてあげるのが対処法になります。エアコンを切り、ファンを回して冷気が全く出なくなってから、5分ぐらいはファンを回して乗って下さい。そのときには窓を開けると効果的です。